郑芝龙在占据彭亨，横扫柔佛后，便发现本地的百姓，很难进行统治。
柔佛国王穷奢极欲，国内赋税繁重，妻妾成群，以中原的标准来看，绝对算不上明君。
郑芝龙虽然被高欢赶出中原，但自认为相比于柔佛苏丹，他不知到强到哪里去了。
吕宋国攻占柔佛全境后，郑芝龙采用比较宽容的政策，免掉了很多赋税，减轻百姓的负担，以期望换取百姓接受吕宋国的统治。
郑芝龙将柔佛划分为二十四个郡，委任当地侨领为郡守，规定郡里的税率为十税二，所得赋税郡里与吕宋国五五分。
郡里发展越好，郡守能够结余的赋税越多，而规定了税率，又避免了郡里对百姓的过度盘剥。
这比柔佛高达五成的赋税相比，无疑减轻了百姓的负担，不过令郑芝龙不理解的是，本地百姓似乎依旧不欢迎自己。
这要是在中原，吕宋国立刻能够获得百姓的支持，地方可以迅速稳定，可是在柔佛，地方却动荡不安，时常出现柔佛百姓袭击吕宋军队，还有侨领武装的事件。
郑芝龙思考之后，觉得之所以存在这样的区别，还是文化和信仰的不同，造成了柔佛百姓对吕宋国的排斥。
吕宋国要想以较低的成本，控制柔佛苏丹国，还是需要统一柔佛的文化和信仰，降低境内的叛乱度。
不过，那些反抗吕宋统治的柔佛人，藏在当地百姓之中，吕宋军难以分辨，所以要减除叛乱份子，可以说十分艰难。
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