司马依被乾军的实力吓住了，得知孙传庭率兵逼近莎车后，决定放弃莎车城，撤到天山北麓，与僧格汇合。
因为叶尔羌人毫无准备，没想到乾军这么快就打到莎车，所以撤退可以说是相当的混乱，几乎是一场灾难。
司马依借助准格尔人夺取莎车后，为了对抗乾朝的威胁，对乾朝进行污名化的宣传，导致叶尔羌人听说乾军打过来，害怕乾军屠城，纷纷争先恐后的出逃。
在司马依的宣传中，乾人都是异教徒，残忍好杀，来了就要欺凌和屠杀他们。
乾军的到来，立时引起了全城的骚动，不明真相的居民纷纷逃难。
因为仓促撤退，叶尔羌人安排十分混乱，莎车城内外一片乱象，街道被百姓拥堵，百姓被踩死，家人被冲散，导致道路根本无法通行。
司马依本还想带走城内物资，可军民只顾拥挤逃离，令他也不敢多带东西，领着几万人马仓皇出逃。
在叶尔羌人撤退后不久，南路乾军前锋骑兵，便抵达了莎车城下。
此时莎车城已经是座空城，城内残余的叶尔羌骑兵，见乾军杀到，匆匆放了把火，烧毁来不及运走的辎重和粮草，便仓惶撤离。
乾军骑兵一面冲入城内灭火，一面挥军掩杀，夺得牛羊五万余头，俘虏莎车百姓数万之众。
不过因为大量百姓，跟随在司马依身后，阻塞道路，阻碍了乾军的追击，司马依成功摆脱了乾军的追击。
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